La bonne absorption des nutriments est dépendante d’un intestin sain, ce qui compte ce n'est pas la quantité de nutriments ingérée, mais la quantité absorbée au niveau de la muqueuse intestinale, c’est-à-dire la biodisponibilité.
Un intestin en bonne santé est la clé de l’absorption optimale des nutriments nécessaires notamment à l’immunité et à la production d’énergie. Ceci repose sur un microbiote équilibré, en quantité et en qualité, remplissant l’ensemble de ses fonctions de santé, et le maintien d’une muqueuse intestinale saine, c’est-à-dire ayant des cellules jointives et une couche de mucus à la surface de ces cellules.
A l’inverse, la dysbiose désigne le cas d’un microbiote intestinal altéré ou déséquilibré. Cette situation peut survenir, par exemple à la suite d’une antibiothérapie, du fait de la présence de micro-organismes pathogènes, d’une alimentation déséquilibrée, avec l’âge ou dans le cas de maladies chroniques. De la même façon, lorsque l’intégrité de la barrière intestinale est rompue, les micro-organismes pathogènes peuvent s’y infiltrer et pénétrer dans l’organisme, déclenchant une inflammation intestinale et des troubles gastro-intestinaux chez l’individu.