LES VIRUS

VIRUS NUS OU ENVELOPPÉS

Ces deux types de virus se distinguent par la présence ou non d’une enveloppe externe appelée « péplos », mot grec signifiant manteau.

VIRUS ENVELOPPÉS

Ces virus sont enveloppés d’une couche lipidique, externe et fragile, qui entoure l’ensemble formé par le génome et la capside. « Il est relativement facile de détruire cette envelopp ; le virus est alors altéré. Bien que le qualificatif enveloppé évoque plutôt une protection, c’est au contraire un élément de vulnérabilité du virus », souligne le Pr Jean-Paul Stahl. La plupart des virus respiratoires sont enveloppés et perdent leur pouvoir infectieux lorsque leur enveloppe est dégradée :

→ dans le système digestif par les enzymes digestives et le pH acide de l’estomac ;

→ dans le milieu extérieur par la température, même ordinaire, et le dessèchement (dessication).

Exemples : coronavirus, les virus influenza de la grippe, VRS…

VIRUS NUS

→ Ces virus dépourvus d’enveloppe résistent beaucoup plus longtemps dans le système digestif et le milieu extérieur. Les virus respiratoires courants ne sont pas des virus nus, sauf « les entérovirus ou adénovirus, qui provoquent exceptionnellement des pneumonies et peuvent être transmis par voie aérienne, mais ce ne sont pas des virus respiratoires au sens strict du terme », précise le Pr Stahl.

Exemple : voie féco-orale par ingestion de pathogènes pour les poliovirus de la poliomyélite.

CONTAMINATION

Plusieurs voies de contamination virale sont possibles : respiratoire, digestive, transcutanée, transmuqueuse notamment sexuelle, sanguine ou par piqûre ou morsure (rage). Les virus enveloppés, comme les coronavirus ou les virus influenza de la grippe, seraient trop fragiles pour franchir le tractus intestinal. Au 15 novembre 2020, une étude⁽¹⁾ a relevé une rare présence de l’ARN du SARSCoV-2 dans les selles non retrouvée dans d’autres études. Une transmission fécale serait donc possible, mais très limitée.

CLASSEMENT DES VIRUS

→ Critères : les trois premiers critères de la classification universelle⁽²⁾ des virus sont la nature de l’acide nucléique du génome, à ADN ou à ARN, la configuration de la capside, tubulaire ou icosaédrique, et la présence ou l’absence d’une enveloppe.

→ Organisation : en 2018, 4 853 espèces virales étaient répertoriées, classées en 846 genres viraux et 143 familles virales réparties dans 14 ordres.⁽²⁾ Exemple : l’appellation scientifique « SARS-CoV-2 » est un acronyme anglais pour « Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 ». Elle indique que le virus de la Covid-19 :

→ provoque un syndrome respiratoire aigu sévère (Sars) ;

→ fait partie de la famille des coronavirus (CoV) enveloppé d’une capsule de protéines en forme de couronne, « corona » ;

→ est le deuxième SARS-CoV identifié après celui apparu en 2002.(2)

PATHOGÉNICITÉ

Environ 200 espèces de virus sont identifiées comme pathogènes pour l’homme. Ils provoquent le plus souvent des affections bénignes, comme des rhinites, mais également des maladies graves, voire mortelles, telles que le sida, les encéphalites ou les hépatites.

(1) Detection of SARS-CoV-2 in Different Types of Clinical Specimens, JAMA, 11 mars 2020.

(2) Classification universelle des virus de l’International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV).

Un nouveau coronavirus pathogène

Si les coronavirus entraînent le plus souvent des symptômes bénins de type rhume, ils ont également été à l’origine de trois épidémies mortelles au cours de ce siècle. Le SARS-CoV-2 est le septième coronavirus identifié comme pathogène pour l’homme, après :

→ les HCoV, pour « coronavirus humains », virus saisonniers qui provoquent des rhumes et des syndromes grippaux bénins. Connus depuis les années 1960, ils ne sont habituellement pas diagnostiqués ;

→ le SRAS-CoV, originaire du sud-est de la Chine fin 2002, puis répandu au niveau mondial en 2003, avec 8 000 cas recensés, dont près de 20 % chez des soignants, et près de 800 décès. L’épidémie a réussi à être endiguée par des mesures d’isolement et de quarantaine ;

→ le MERS-CoV, ou Middle East respiratory syndrome, à l’origine du « syndrome respiratoire du Moyen-Orient » apparu en 2012 en Arabie saoudite. Il est responsable de 1 219 cas diagnostiqués et 449 décès dans 26 pays. À l’heure actuelle, aucun traitement spécifique ou vaccin n’est disponible contre ce virus.