Tests antigéniques Covid-19 : le casse-tête posé par la baisse de TVA

La loi de finances pour 2021 publié fin décembre au Journal officiel introduit à titre temporaire un taux de TVA de 0 % aux tests et vaccins contre le Covid-19. Le « taux zéro » concerne les opérations dont le fait générateur est intervenu à compter du 15 octobre 2020 et jusqu’au 31 décembre 2022. Pour les tests antigéniques déjà réalisés et facturés depuis le 15 octobre avec une TVA à 5,5 %, la taxe pourra être régularisée selon les règles qui ont été prévues au Bulletin officiel des impôts pour les produits adaptés à la lutte contre la propagation du Covid-19.

Entre le laboratoire fournisseur de tests et le pharmacien, tous deux assujettis à la TVA, les parties doivent en principe recourir à la procédure de régularisation de droit commun qui suppose l’émission de factures rectificatives et la correction des déclarations de TVA, mais il est admis qu’elles renoncent à cette procédure d’un commun accord.

« Cette opération étant neutre financièrement pour les deux parties, dans la grande majorité des cas, il n’y aura pas de facture rectificative émise par le laboratoire », pressent Laurent Cassel, expert-comptable du cabinet AdequA.

Corrélativement, l’administration fiscale ne procédera à aucune remise en cause de la déduction totale ou partielle de la TVA effectuée par le destinataire au motif que la TVA a été facturée à un taux supérieur au taux zéro. Ces règles s’appliquent également, dans les mêmes conditions, lorsque l’émission de la facture rectificative est différée (au plus tard au 31 décembre 2022).

Lorsque le pharmacien devient le fournisseur de tests et qu’il les a facturés à tort à une TVA 5,5 % à l’Assurance maladie, si celle-ci se manifeste en lui réclamant des indus, « il devra alors rembourser à l’Etat la TVA à 5,5 % qu’il a récupérée en émettant, en pratique, une nouvelle facture (FSE) avec une TVA à 0 % et un avoir à la Sécu, explique-t-il. Cette facturation rectificative est indispensable pour pouvoir procéder à une régularisation de TVA dans les comptes. »

Le seul cas où le pharmacien peut augmenter sa marge du montant correspondant à une TVA 5,5%, c’est lorsque il vend et réalise un test antigénique à un patient qui sollicite fréquemment un dépistage pour son confort personnel, sans en demander le remboursement par l’Assurance maladie. Ce type d’opérations ne relevant pas de l’obligation de facturation, le pharmacien a la faculté d’obtenir la restitution du trop-versé par imputation sur sa déclaration de TVA, cette faculté n’étant pas subordonnée à l’émission d’une facture rectificative auprès du client.