Dépistage et distanciation, deux sujets d’étude

La polymerase chain reaction (PCR) est une technique simple qui permet de déterminer la quantité d’une séquence cible ou d’un gène présente dans un échantillon. Les molécules d’ARN sont tout d’abord converties en molécules d’ADN grâce à la transcriptase inverse. La réaction de polymérase en chaîne comprend ensuite trois étapes qui forment un cycle : dénaturation de l’ADN permettant de séparer les deux brins, hybridation des séquences d’ADN simple brin spécifiques du virus (elles permettent de définir les régions d’ADN qui seront amplifiées), puis synthèse d’un brin d’ADN complémentaire à l’ADN matrice. Ce cycle est répété 40 à 50 fois (amplification) pour obtenir des molécules d’ADN correspondant au virus et visualisées par fluorescence à la fin de chaque séquence. Une valeur faible du cycle seuil de détection Ct (10-15) indique que le gène recherché est fortement exprimé dans l’échantillon. A l’inverse, une valeur élevée du cycle Ct (30-35) montre qu’il y a peu d’ARN puisqu’il a fallu beaucoup de cycles PCR pour pouvoir détecter l’amplification fluorescente.

De l’intérêt du Ct

Des chercheurs britanniques se sont demandé s’il existait un lien entre la valeur du Ct et la durée pendant laquelle la personne reste infectieuse. Leur étude, publiée dans Eurosurveillance mi-août, montre que oui. Les chercheurs ont mis en culture 324 échantillons de patients aux tableaux cliniques variés, testés positifs par reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR). Ils ont relevé une « forte corrélation » entre la valeur du Ct et la capacité à isoler du virus infectieux. Ainsi, avec un Ct > 35, la probabilité de retrouver du virus infectieux dans un échantillon a été estimée à seulement 8 %. Un test PCR positif n’implique donc pas forcément une infection active, son interprétation devrait aussi prendre en compte le Ct. L’étude a également identifié que les valeurs de Ct et la présence de virus infectieux étaient similaires dans les échantillons, que les personnes soient symptomatiques ou pas. « Dix jours après l’apparition des symptômes, la probabilité de culture du virus est tombée à 6 % », notent les auteurs. Ils concluent en recommandant que les mesures de contrôle des infections soient conservées pendant 10 jours pour les personnes atteintes de Covid-19, même si elles sont asymptomatiques.

Une distanciation à moduler ?

Une autre étude britannique, publiée par The British Medical Journal (BMJ), s’est quant à elle intéressée à la règle de distanciation physique de 1 à 2 mètres. « Une simplification excessive fondée sur des données scientifiques obsolètes et des expériences de virus anciens », jugent les auteurs. La distribution des particules virales est affectée par de nombreux facteurs, y compris le débit d’air. Au lieu de règles de distance physique fixes et uniques, les chercheurs proposent des recommandations graduées prenant en compte le taux d’occupation du lieu, sa ventilation, la force de la respiration et le temps de contact. D’autres travaux sont nécessaires pour affiner ce modèle, en tenant compte notamment de facteurs comme la vulnérabilité des individus à l’infection, les schémas de circulation de l’air ou encore la capacité d’excrétion d’une personne infectée. La distanciation n’en sera alors que plus efficace.