Que signifient « clade » et « arbre phylogénétique » ?

Un arbre phylogénétique est un arbre schématique montrant les relations de parenté entre des groupes d’êtres vivants. Chacun des nœuds de l’arbre représente l’ancêtre commun de ses descendants.

« Clade » signifie « branche ». Un clade regroupe un être vivant et tous ses descendants.

Il constitue une des branches de l’arbre phylogénétique.

Pour déterminer à quel clade appartient un virus grippal, les virologues utilisent les techniques de PCR (polymerase chain reaction) pour séquencer l’ARN du virus. Puis, à l’aide d’une méthode mathématique de classification, ils placent ce virus dans le groupe comprenant ceux qui ont le plus grand nombre de gènes similaires, l’ancêtre direct étant le virus le plus ancien ayant le génome le plus similaire. Grâce à ce procédé, appliqué à tous les virus grippaux collectés par le réseau mondial des centres de références piloté par l’OMS, il est devenu possible de reconstituer l’arbre phylogénétique des virus de la grippe.

Chaque type (A, B, C) ou sous-types (H1N1, H3N2, etc.) de virus est ainsi subdivisé en clades. Identifier l’ancêtre d’un virus grippal et déterminer son clade permet de mieux décrire l’évolution et la circulation virale autour de la planète, mieux choisir les souches vaccinales, évaluer les effets possibles de certaines mutations génétiques.

Ce travail de classification, entamé dans les années 1980, est devenu possible grâce à la mondialisation des échanges scientifiques, aux progrès de la virologie (essor du séquençage), de l’informatique (ordinateurs plus puissants et moins chers), de la médecine (accroissement considérable du nombre d’isolements de virus) des télécommunications (par Internet).