Quels tests Covid-19 et dans quels buts ?

Quels tests pour le coronavirus ?

Il existe deux grands types de tests pour les maladies virales. L’un, appelé PCR (Polymerase chain reaction), pour détecter le virus actif dans l’organisme. Cette technique traque l’ADN des virus présents dans des échantillons biologiques : sécrétions nasales, sang… Pour cela, il faut connaître la composition de cet ADN, c’est-à-dire la séquence génétique du virus. Une autre famille de tests, dits sérologiques, s’intéresse à la réponse de l’hôte à l’infection. Ils cherchent les anticorps produits par le système immunitaire pour combattre le virus et qui restent détectables dans le sang même après disparition du virus.

Qu’est-ce que la RT-PCR SARS-CoV-2 ?

Le SARS-CoV-2 est un virus à ARN. Pour le détecter, on utilise la RT-PCR (Reverse-transcription PCR). C’est une PCR avec une étape supplémentaire permettant d’obtenir de l’ADN à partir d’ARN. Une RT-PCR était disponible dès janvier en France.(1) L’échantillon de première intention est le prélèvement des voies respiratoires réalisé par un médecin ou une infirmière et envoyé au laboratoire sous triple emballage.

Qui réalise les tests PCR ?

Dans le cadre de diagnostics, les tests PCR sont réservés aux laboratoires de biologie médicale et, depuis le 5 avril, ouverts à d’autres laboratoires comme les vétérinaires.(2) La vérification que le test a été correctement réalisé et son interprétation restent sous la responsabilité du biologiste médical.

Quels sont les avantages de la PCR ?

Une réponse en quelques heures et sa fiabilité. Il détecte des quantités limitées de virus et cible des régions présentes dans le SARSCoV-2 et pas dans d’autres virus. Si le test est positif, on peut affirmer sans grand risque d’erreur que la personne est infectée.

Et ses limites ?

La PCR peut passer à côté de malades Covid-19 (faux négatifs) si, par exemple, le prélèvement est de mauvaise qualité ou si le test est réalisé tardivement par rapport au début des symptômes. Le test peut diagnostiquer à tort des patients non malades (faux positifs) s’il y a contamination lors de la manipulation de plusieurs échantillons. La PCR ne permet pas de dire si le virus est infectant ou si c’est un « virus mort ». Seule la culture du SARS-CoV-2, technique laborieuse non utilisée en routine et dans un laboratoire de sécurité supérieure, permettrait d’affirmer que le virus est infectant.

Que recherchent les tests sérologiques ?

Ils visent presque toujours la recherche d’une infection passée en virologie. Les tests ELISA (Enzyme-linked immunosorbent assay), sur prélèvement veineux, permettent la détection d’anticorps anti-SARS-CoV-2 dans le sérum et peuvent donner un résultat semi-quantitatif (titre d’anticorps) en une à cinq heures. Les tests de diagnostic rapide (TDR), réalisés sur prélèvement de sang ou bout de doigt, donnent un résultat qualitatif – présence ou absence – en dix à trente minutes. L’objectif pourrait être de déterminer la proportion de la population qui a été en contact avec le virus afin de faire une surveillance épidémiologique et de repérer les personnes immunisées, à supposer que ces anticorps se maintiennent dans le corps et soient protecteurs.

Quelles sont les limites de la sérologie ?

Les anticorps anti-SARS-CoV-2 sont détectables sept à quinze jours après le début des symptômes, voire vingt jours.(3) Leur persistance au-delà de sept semaines est inconnue à ce jour, comme leur cinétique d’apparition chez les patients asymptomatiques. La présence d’anticorps n’est pas liée à la disparition du virus, donc elle ne signe pas forcément une guérison, ni une protection contre une réinfection.(4)

À qui s’adressent les différents tests ?

La PCR, uniquement réalisée sur prescription médicale, reste réservée aux formes graves et aux personnes à risque de les développer, aux personnes hospitalisées et au personnel soignant avec signes cliniques, aux trois premiers patients avec symptômes en structure hébergeant des personnes vulnérables.(5) La HAS propose trois grandes indications pour les tests sérologiques ELISA : surveillance épidémiologique, dépistage des personnels soignants et d’hébergement collectif non symptomatiques et aide au diagnostic chez des patients fortement suspects de Covid-19 sans PCR dans les sept jours suivant les symptômes, ou avec PCR négative.(6)

(1) www.who.int

(2) Arrêté du 5 avril 2020

(3) Long et al., Nature Medicine, 2020.

(4) Cahier des charges définissant les modalités d’évaluation des performances des tests sérologiques détectant les anticorps dirigés contre le SARS-CoV-2, HAS, 16 avril 2020.

(5) Avis du Haut Conseil de la santé publique du 10 mars 2020.

(6) Place des tests sérologiques dans la stratégie de prise en charge de la maladie Covid-19 , HAS, 1^er mai 2020.

NOTRE EXPERTE INTERROGÉE

→ Dr Lydia Pouga, médecin virologue, lauréate de la faculté Paris-Descartes, postdoctorante de 2016 à 2018 à l’Institut Pierre-Louis d’épidémiologie et de santé publique, équipe stratégies thérapeutiques contre l’infection VIH, médecinconseil auprès de l’ambassade de France en Azerbaïdjan.

Tests en France

→ 627 000 tests RT-PCR menés en milieu hospitalier et 203→ 000 en ville depuis février-mars.

→ 20 000 tests RT-PCR par jour(7), objectif : 500 000 par semaine.

→ 44 tests RT-PCR différents remboursés, dont 29 avec un avis favorable des Centres nationaux de référence.(8)

→ Un test salivaire développé par le CNRS est en cours d’évaluation pour détecter le SARS-CoV-2 plus facilement. Le résultat pourra être lu à l’œil nu en 30 minutes par le personnel soignant. L’idée est d’en avoir une version grand public.(9)

(7) Covid-19 Point épidémiologique hebdomadaire, Santé publique France, 7 mai 2020.

(8) États des lieux des évaluations des kits/réactifs par les CNR Virus respiratoires Lyon/Institut Pasteur, Société française de microbiologie, 11 mai 2020.

(9) www.cnrs.fr/fr/covid-19-lancement-dune-etudeclinique-pour-un-test-salivairede-depistage-rapide