Dépistage du variant Omicron : le dispositif national de séquençage en ordre de bataille

Peut-on dire qu’avec Omicron, on se retrouve sensiblement dans la même situation qu’il y a un an ?

Effectivement, la situation épidémiologique est sensiblement la même. Mais en termes d’organisation et de capacité de séquençage, notre position est beaucoup plus confortable. Le consortium Emergen, que nous avons mis en place en début d’année, s’appuie désormais sur 52 laboratoires privés et publics répartis sur l’ensemble du territoire. Celui-ci peut produire en rythme de croisière entre 16 000 et 20 000 séquences par semaine. Depuis le début de l’année, il a réalisé plus de 252 000 séquençages. Ce qui place la France au troisième rang des pays européens qui séquencent le plus derrière l’Allemagne et le Danemark.

Quelle stratégie allez-vous déployer pour suivre la circulation ce nouveau variant ?

Nous avons commencé à travailler sur ce sujet il y a une dizaine de jours, lorsque les premiers cas ont été identifiés. La première chose que nous avons établie, c’est de sensibiliser l’ensemble des laboratoires du consortium pour qu’ils se tiennent prêts à réagir rapidement, alors que l’on observait déjà une montée en puissance de l’activité depuis le début de l’apparition de la 5^e vague. Nous sommes passés de 7 190 séquences produites du 15 au 21 novembre, à 8 800 du 22 au 28. Et la semaine dernière, nous avions déjà franchi vendredi matin le cap des 10 000 séquences… Décision a ensuite été prise de réaliser de façon prioritaire et accélérée le séquençage des prélèvements positifs chez des personnes ayant séjourné dans un des sept pays à risque d’Afrique australe dans les quatorze jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement. Le même traitement est appliqué aux personnes infectées ayant eu un contact à risque avec un voyageur ayant séjourné dans ces pays dans les 14 jours suivant son retour, et en cas de résultat positif criblé A0B0C0. Celui-ci peut en effet suggérer la présence d’Omicron. Ainsi, tous les tests RT-PCR positifs enregistrés sont criblés systématiquement. L’ensemble des prélèvements ressortant avec une suspicion de variant Omicron sont ensuite séquencés pour confirmer le diagnostic. Enfin, nous continuons de pratiquer toutes les semaines nos enquêtes flash qui consistent à séquencer systématiquement un jour donné les tests RT-PCR positifs, quel que soit le résultat de criblage. Il est en effet essentiel de suivre non seulement Omicron, mais aussi les autres variants qui circulent sur le territoire. Nous sommes par ailleurs en discussion permanente avec le ministère des Solidarités et de la Santé et le Centre national de référence virus des infections respiratoires afin de voir s’il y a lieu d’adapter les cibles de criblage. En allant chercher par exemple au-delà des trois mutations actuellement visées : la L452R, la E484K et la E484Q.

Quels sont les premières données remontées depuis l’apparition de ce nouveau variant ?

Nous avons au 3 décembre, 9h00, identifié neuf cas confirmés de contamination Omicron. Sept en région Auvergne, Provence-Alpes-Côte-d’Azur, Île-de-France, Pays-de-la-Loire et Grand-Est, deux à la Réunion. Concernant le séquençage systématique de tous les tests RT-PCR positifs avec criblage A0B0C0, cela représentait environ 3 000 cas la dernière semaine. Un très faible nombre d’entre eux seront confirmés comme Omicron dans la mesure où ce criblage n’est pas spécifique de ce variant, et peut se retrouver chez d’autres.

Peut-on d’ores-et-déjà dire qu’avec sa cohorte de mutations, le variant Omicron a toutes les chances de devenir dominant en France dans les semaines qui viennent ?

Il est encore trop tôt pour se prononcer. Il faut attendre d’avoir plus de données épidémiologiques sur l’Afrique du Sud où ce variant semble effectivement se diffuser très rapidement. Mais le contexte n’est pas le même qu’en France. Lorsqu’il est apparu, le pays était dans une période de faible incidence. Omicron bénéficiait donc de tout l’espace nécessaire pour se propager. En France, nous sommes en pleine cinquième vague, avec un variant Delta qui représente 99 % des cas de contamination. Rien ne permet d’affirmer aujourd’hui qu’Omicron pourra le supplanter…